Bluestick.JP

http://wordpress.org/support/topic/189058

によると、permalinkにindex.phpが含まれるような設定をしている場合に発生する。当サイトでも発生した。

現状の対策としては、

1. Linux/Apacheでmod_rewriteを使用している場合はperamalink中に入っているindex.phpは必要ないのではずす。
2. IISなどindex.phpが必要な場合はpermalinkの設定で「カテゴリベース」、「タグベース」を空白にしておかず、「category」、「tag」など何らかの文字列を設定する。
3. あるいは、http://trac.wordpress.org/ticket/7306を参考にしてパッチをあてる。

だそうです。

1. 現在のインストールディレクトリをフォルダごとバックアップする。
2. データベースをバックアップする。
3. mysqldump  -u ユーザ名 -p データベース名 > バックアップファイル名
4. 新しいファイルを上書きコピーする。
5. アップグレードスクリプトを実行する。

http://sitename/xxxxxx/wp-admin/upgrade.php