いろいろと調べたところ、プロジェクトのobj\Debug、obj\Releaseの各フォルダにできる、DesignTimeResolveAssemblyReferencesInput.cacheというファイルに、jQuery-1.4.1-vsdoc.jsファイルの参照が含まれてないのが原因のようだった。
ソリューションエクスプローラ上でjQuery-1.4.1-vsdoc.jsファイルを一旦「プロジェクトから除外」し、 再び「プロジェクトに含める」を実行する操作をDebugモードとReleaseモードそれぞれで行ったところ、直った。
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